BAMAG Nasional menjalankan program-program strategis yang berakar pada AD/ART organisasi — dari pembinaan kepemimpinan hingga riset kerukunan umat beragama di seluruh nusantara.
Setiap program dirancang untuk memperkuat peran gereja dan umat Kristiani dalam kehidupan berbangsa dan bernegara.
BAMAG Nasional menyelenggarakan forum-forum musyawarah berjenjang sebagai mekanisme pengambilan keputusan yang demokratis dan akuntabel.
Sesuai AD/ART Pasal 9, BAMAG Nasional menjalankan lima usaha utama untuk mencapai tujuan organisasi.