BAMAG Nasional dipimpin oleh tokoh-tokoh Kristiani nasional berpengalaman yang terpilih melalui Musyawarah Nasional I pada 20 Februari 2023 untuk masa bakti 2023–2028.
Sesuai AD/ART Pasal 15, Dewan Pembina BAMAG Nasional adalah pejabat pemerintah yang relevan di setiap tingkat wilayah — dari nasional hingga tingkat desa/kelurahan.
Sesuai AD/ART Pasal 10, organ lembaga BAMAG Nasional terdiri dari tiga badan utama yang menjalankan fungsinya secara sinergis.
Seluruh pengurus BAMAG Nasional dipilih melalui mekanisme musyawarah yang demokratis dan transparan. Semua personil menduduki jabatan berdasarkan hasil musyawarah, kemudian ditetapkan dengan Surat Keputusan dari Dewan Pimpinan Pusat.
Anggota pengurus pada seluruh tingkatan diusulkan dan dipilih dari kalangan masyarakat Kristiani yang dikenal luas oleh komunitas Kristiani di wilayah masing-masing.
Prinsip Akuntabilitas: Demi kehormatan dan disiplin organisasi, DPP berhak mengangkat Pelaksana Tugas (Plt) apabila pengurus di tingkat bawah tidak menjalankan tugas sesuai AD/ART.